Тог 15. јуна 1999. године, нешто пре 11 сати, отац Харитон је испред епископског двора у Призрену примио своје последње послушање…

Требало је отићи у град, по храну. Рекавши „Нека је благословено“, кренуо је аутомобилом, без страха. У самом граду био је заустављен од тројице терориста и легитимисан. Одмах по легитимисању, терористи црних униформи и још црњих душа одвели су га његовим аутом у непознатом правцу. Ово се дешавало наочиглед немачких војника у саставу НАТО „мировњака“. Цео догађај видео је и један немачки новинар, фотографисао и истог дана обавестио епископију. Почео је голготски пут новог Христовог мученика. На његова плећа стављен је последњи и најтежи крст – мучеништво за Христа. Понео га је као кротко јагње, потпуно мирно, не марећи за разноврсност и величину мука, како је раније сâм говорио. Свезлобни непријатељ људскога рода, све време водивши невидљиви духовни рат против њега, сада је свом силом, у лицу својих слугу, напао на ово јагње Божије. Један од раније поменутих ножева заблистао је на јунском сунцу, негде у Призрену, и после много задатих рана одсекао мученику главу. Чиста и непорочна душа новог Христовог мученика истог тренутка одлетела је у небеске обитељи Господу своме, кога је толико волела и због кога је толико трпела. Рат је био добијен, трка завршена, вера одржана а победника је на небесима чекао венац правде (Уп. 2. Тим. 4. 7, 8) и радосни глас подвигоположника Господа Христа: „Добро слуго добри и верни, у маломе си ми био веран, над многим ћу те посавити; уђи у радост Господара својега“ (Мт. 25, 21). Тело његово зликовци су тајно закопали у месту Тусус код Призрена. Заједно са телом закопане су, од стране КФОР-а, као и убица, све информације о њему. Једино што је у тим тренутцима остало живо биле су црне слутње да је убијен. Отац Илија, некадашњи његов духовник у свету, примајући вест о његовом нестанку, небески је мирно и убедљиво рекао: „Отац Харитон је мученик за Христа“. Време је пролазило а са њим и трачак наде да је монах Харитон још увек у животу. У периоду неизвесности, мученик се некима од братије и у сну јављао, говорећи да је пострадао. Господ, који прославља оне који Њега прослављају, не желећи да његов подвиг и мученички венац велом тајне остану покривени, благоизволео је да људима открије његов удео указавши на место где је његово свето тело сахрањено и показавши каква је била његова кончина. Тело је пронађено у августу 2000. године од стране Комисије за есхумацију тела несталих и киднапованих Срба. Недалеко од оца Харитона пронађена су и тела неколико Срба пострадалих у исто време. Мошти мученикове нађене су без главе. Утврђено је да је она одсечена оштрим предметом. Кости руке биле су поломљене, као и кичма, којој је недостајало неколико пршљенова. Подрасник и џемпер били су у пределу срца на неколико места избодени ножем. Џемпер је са предње стране био распорен. Били су то најбољи докази неописивих мука које је овај преподобномученик поднео за Христа, попут првих хришћанских мученика из времена зверских римских царева. Скончавши за мало исуни године дуге; јер угдона би Господу душа његова (Прем. Сол. 4, 14), његове убице видеше, и не разумеше, нити ставише на мисао тако нешо: да је благода и милост на изабраницима Његовим и посета Његова у преоподобнима његовим (Прем. Сол. 7, 15). Мучениково тело убрзо је из Призрена као из корена ишчупани црвени косовски Божур унето у манастир Грачаницу, где је одслужен парастос (11. новембра, 2000. године). Ту су му се верни са љубављу поклонили. Сутрадан, је пренесено у његов први манастир – Црну Реку. Ишло се заобилазно, због демонстрација шиптара на путу. Сатворивши тако велики свети вход од Призрена, преко Грачанице до Црне Реке, мученик је својим светим телом предао свој последњи благослов намученој косовско – метохијској земљи, за коју ће пред престолом творца до скончанија вјека приносити молитве, заједно са свима светима Небеске Србије. Малена и тиха црноречка пустиња, која га је некада примила за искушеника, сада га је дочекала као мученика. Примила га је не са сузама, него са васкршњом радошћу – како и доликује ономе који је ушао у радост васкрслог Господа свога. Са таквим расположењем срца био је опојан од свог духовног оца – владике Артемија, братије, сродника и многих верника. Мучениково свето тело затим је предато својој мајци – црноречкој земљи, да је краси и освећује, само на пар метара од његове некадашње келије. То је уједно био и први гроб у црноречком манастиру, од његовог оснивања. На гробу су, за дивно чудо, свеће мирно догоревале неометане ветром иначе редовно присутним у црноречком кањону. На самом гробу после опела осећао се необичан мир, који као да је сведочио о величини његовог подвига и великој слободи пред Господом. Ускоро је братија на његовом гробу зажегла и кандило, као малу жртву и подсећање на светлост његовог врлинског живота и богоугодних подвига. Обогаћена тако, поред моштију Светог Петра Коришког, још једним светлим стубом, црноречка обитељ постала је још светлије место насеља славе Божије.