„Наш суштински, најважнији и највиши циљ је да у нашој Отаџбини нема других народа, језика и религија.“ (Др Риза Нур, турски министар 1920-26)
„Ако се Грци усуде да дирну нашу браћу, у Истанбулу има доста Грка да се осветимо.“ (лист Hürriyet, 28. август 1955)
Једно од најосетљивијих питања у грчко-турским односима је положај мањина у обе земље. Мањине су у обе државе увек биле веома погођене приликом међусобног заоштравања односа. Након потписивања Лозанског споразума 1923. године, којим је Турска призната у садашњим границама, извршена је размена становништва између Грчке и Турске („Конвенција о размени грчке и турске популације“), из које је изузето турско становништво које је живело у Западној Тракији и грчко које је живело у Истанбулу. Ова размена није обухватала истанбулске Грке што због емотивне везаности за град, што због значаја који Васељенска патријаршија има за саме Грке али и православље уопште. Након усвајања новог Устава 1924. године, којим су им гарантована права (као и Лозанским мировним споразумом), припадници немуслиманских мањина постали су турски грађани. Већ наредне године они су се под притиском власти одрекли члана 42 Лозанског споразума који им је гарантовао извесну аутономију по питању породичног права и личног статуса. Иако су се међудржавни односи поправљали, број Грка у Истанбулу је временом опадао због мера које је доносила турска држава (закон из 1932. и порез на богатство 1942), и тако их индиректно присиљавала да напуштају своју домовину.
Чланство обе земље у НАТО, упоредо са доласком на власт Демократске партије у Турској, коју су отворено подржале верске вође мањина, приближило је две државе међусобно више него икада раније. Прелазак на вишепартијски систем омогућио је либералнији приступ и према Грцима, па су обострано уведена нека побољшања по питању школства.
Међутим, међудржавне односе је све више оптерећивало различито виђење решења статуса Кипра који је тада био под британском влашћу. Грчка политика за уједињење са Кипром (ЕНОЗИС) и оружане активности ЕОКА (Хеленска организација кипарских бораца) против Британаца на острву од априла 1955. године, иако нису погађале турско становништво до септембра, све више су заоштравале турски став. Економске потешкоће у Турској и ситуација на Кипру довели су до тога да до 1955. године политичка и друштвена клима у Турској буде веома напрегнута. То се одражавало и на став јавности према турским Грцима, а написи медија из тог времена показују да су они посматрани као део кипарског проблема.
У интервјуу датом 24. августа 1955. године, неколико дана пред Конференцију у Лондону на којој је требало да се разговара о ситуацији на Кипру, премијер Аднан Мендерес је тврдио да се планира масакр над Турцима на острву. Нова медијска кампања, у којој је предњачио лист Хјуријет (Hürriyet), о наводном прикупљању помоћи за покрет ЕОКА од стране Грка који живе у Турској и патријарха Атинагоре, довела је до јачања негативног става јавног мњења према Грцима. Патријарх је чак физички нападнут у четврти Еминону. Са приближавањем Лондонске конференције појачано је полицијско обезбеђење око зграде Патријаршије и у деловима где су Грци више насељени. Све чешће су биле туче између младих Турака и Грка.
Ситуација је кулминирала са вешћу о наводном грчком нападу, око поноћи 5. септембра, на турски конзулат у Солуну, који се налазио уз родну кућу Кемала Паше Ататурка. Поподне 6. септембра на тргу Таксим у Истанбулу, биле су организоване демонстрације различитих студентских организација, синдиката и асоцијације „Кипар је турски“. Убрзо, око 19:00 часова, најпре у квартовима у близини Таксима, а затим и у осталим деловима града, који су традицинално били познати као области у којима послују и живе немуслимани, започели су напади на њихове радње и станове. Мета напада биле су и четврти на малоазијској страни, као и на Принчевим острвима.
Напади су споровођени, показаће се касније, према унапред састављеним списковима, организовано у групама од 20-30 људи, при чему су често ношене турске заставе или фотографије Ататурка и тадашњег председника Џелала Бајара, док се уједно тражило од Турака да своје радње, куће и возила обележе турским заставама. Процењује се да је у нападима учествовало и до 100.000 људи. Превоз група био је унапред обезбеђен што приватним возилима, што таксијима, фериботима, па чак и војним возилима, а групе су биле снадбевене „алатом“ за разбијање и петролејом. Полиција је остала пасивна током немира, те није реаговала чак и када се дешавало насиље, док су ватрогасне јединице касниле на ватром захваћене локације или се изговарале да њихова опрема није одговарајућа. Иако је испрва дата инструкција да се само уништава имовина, дошло је и до смртног исхода најмање тридесет особа, великог броја (и до неколико стотина) силовања жена, па и дечака, више стотина људи је претучено, а вршена су и насилна обрезивања како лаика, тако и једног свештеника. Насиље је завршено око два сата иза поноћи када је на улице изашла војска са тенковима.
Према доступним подацима, руља је напала 5 538 станова, 1 004 продавнице и радних простора, 73 цркве, 1 синагогу, 2 манастира, 5 317 различитих привредних објеката (фабрика, хотела, кафана итд), мање или више је оштећено 36 од 48 школа грчке заједнице. Према америчким изворима, 59% привредних објеката и 80% домова припадало је Грцима, 17% привредних објеката и 9% станова Јерменима, а 12% радних простора и 3% животног простора припадало је Јеврејима. Уз ово, мета напада биле су и 3 јерменске цркве и 4 школе. Такође су нападани и објекти који су припадали католичким Грузијцима, а страдале су и неке радње чији су власници били Турци. У нападнутим црквама уништаване су иконе, крстови и црквене сасуде, као и остали црквени инвентар, док су неке цркве делимично или потпуно спаљене, а изгорела је и „Београдска црква“. Страдала су и гробља у Шишли, где су рушени споменици, а гробови откопавани и посмртни остаци спаљивани или ломљени. Нападнуто је и патријаршијско гробље у Балкили, где је неколико саркофага оскрнављено.
Процене материјалне штете биле су различите. Власти су је процениле на око 25 милиона, док су Британци дали процену од 200 милиона, а грчка Влада и до 500 милиона америчких долара. Испрва је Министарство финансија објавило да ће се помоћи жртвама напада путем разних олакшица као и убрзавањем надокнаде материјалне штете, али се свело на кампању за добровољним прилозима а прикупљен новац је износом био далеко од начињене штете. Парламент је тек наредне године донео закон о надокнади, којим су опредељена средства која су била довољна само за делимичну компензацију. Жртве су на ту надокнаду више гледале као гест којим се удовољавало међународној јавности.
Власти су за нападе испрва оптужиле комунисте, што је страним посматрачима било сумњиво јер су комунисти у Турској били малобројни, а и под сталном присмотром тајне полиције. Приведено је 48 комуниста, али су већ ослобођени у децембру без икаквих објашњења, док су судски процеси завршени у њихову корист.
Временом се показало да је нападе организовала Влада уз помоћ Тајне службе и локалних функционера и огранака Демократске партије, као и од државе управљаним студентским организацијама, синдиката (оних који су били на „националној линији“) и асоцијације „Кипар је турски“ коју је финансијски помагала турска Влада, а чије огранке су оснивали функционери Демократске партије и синдиката.
По завршетку немира и увођења ванредног стања у процесу пред војним судом, као и потом пред грађанским судом, помињано је учешће припадника Националне безбедносне службе (МАХ) у бомбашком нападу у Солуну и ширењу вести о нападу преко турског „Истанбул Експреса“ 6. септембра, који је тог дана штампан у необично великом тиражу. „Агент провокатор“, тада студент, Октај Енгин, који је и поставио експлозивну направу у дворишту конзулата, био је ангажован од стране МАХ. Он је касније у Турској неуобичајеном брзином дошао до важних позиција у државном апарату. На крају су судови, на захтев тужиоца, донели ослобађајуће пресуде за учеснике немира, јер је било немогуће да на основу изнетих доказа донесу правичну пресуду, и утврдили су да они „нису имали криминалне намере“. Улоге чланова Демократске партије, чланова Владе и МАХ занемарене су како би се прикрила чињеница да иза немира стоје власти.
Након првог државног удара у Турској маја 1960. године и доласка на власт војне хунте, на суђењу тзв. Јасиада процесу, председник Џелал Бајар, премијер Аднан Мендерес и министар Фуат Копрјулју били су оптужени уз друге тачке оптужнице, и за кршење Уставом загарантованих права грчко-православне мањине, као и за подстицање демонстрација и насиље. По завршетку овог процеса представљено је да је за насиље одговорна само Демократска партија (Мендерес је касније обешен), док су друге државне структуре изузете, чиме, заправо, догађаји из 1955. године нису расветљени у потпуности, а режим уведен диктатуром је легитимисан.
Неке дипломате су као разлог за организовање ових немира видели у жељи да се изврши притисак на конференцију у Лондону (1955), али и да се скрене пажња са домаћих политичких проблема. Мендересова влада се суочавала са бројним политичким и финансијским тешкоћама, па су догађаји били изговор за ограничавање слободе медија и увођење шестомесечног ванредног стања у Истанбулу, Анкари и Измиру.
Такође, не треба занемаривати и британску улогу око преговора по питању Кипра. Британци нису желели да се то питање нађе пред Уједињеним нацијама (како не би био критикован британски колонијализам), за шта се залагала грчка страна, и сматрали су да им је од користи укључивање Турака у преговоре. Чак је један од функционера Британског министарства спољних послова изјавио како би „евентуални немири у Анкари одговарали нашим интересима“. Грчка штампа је одмах након напада изнела став да су и британске власти одговорне за догађаје. Истог става били су и поједини грчки званичници. Новија истраживања су показала да су по ставовима неки припадници британског Форин офиса били блиски турским и да нису били за оштрију реакцију спрам Турске. Овим потезима ојачана је британска позиција, а на Кипру је одржан статус кво, што је одговарало Британцима. Конференција у Лондону пропала је због напада у Истанбулу и Измиру, 6. септембра 1955.
Међутим, ове догађаје не треба сагледавати искључиво у контексту тренутне кризе, већ у оквиру шире политике демографског инжењеринга, националне и верске хомогенизације, коју је раније спроводила кемалистичка елита. Наиме, већина немуслиманског становништава је пре 1950. године, била „очишћена“ из градова у Анадолији и концентрисана у неколико метропола, највише у Истанбулу, где се издвајала својим пословањем и добрим материјалним стањем.
Насиље је имало за последицу да велики број Грка, Јермена и Јевреја напусти Турску. Упркос напорима Васељенске патријаршије и грчког конзулата, до 1960. године у Грчку је отишло око 15.000 људи. У истом том периоду, број истанбулских Јевреја који су отишли у Израел био је близу 10.000. За већину припадника немуслиманских мањина ови догађаји су били доказ да нису признати као равноправни грађани Турске, те да ће, без обзира на то ко је на власти, бити дискриминисани. Да су у праву, показали су већ догађаји из 1964. године када је под притиском власти Турску напустило још 40.000 Грка. Када је на педесетогошњицу догађаја 2005. године организована изложба фотографија о „Истанбулском погрому“, она је била мета напада припадника крајње деснице.
Када се узме у обзир да је Мендерес, иако је постхумно ослобођен оптужби, одговоран за организовано насиље које је спроведено, припадници мањина се свакако не могу осећати лагодно када се по њему именују државне установе, као на пример Универзитет у Ајдину, аеродром у Измиру и две средње школе у Истанбулу и Ајдину.
Захтев опозиционог турског посланика Гара Пајлана из 2019. године, да држава истражи ове догађаје, остаје без одговора. Са друге стране, Ердоганова изјава приликом отварања „Острва демократије и слободе“, на острву Имрали на коме је Мендерес обешен, поводом 60 година од првог војног удара у Турској (мај 2020), да је суђење Мендересу „убиство закона“, исто не шаље позитиван сигнал припадницима мањина. Утолико је више проблематичан недавни спот којим су власти представиле како хришћани у Турској живе лагодним животом, док су представници мањина из емиграције оптужиле власти да ништа нису учиниле да омогуће повратак онима који су протерани.