На положају првог човјека Владе Србије налазио се од 25. јануара 2001, када је замијенио Миломира Минића који је водио Прелазну владу од краја октобра 2000.
Рођен је у Босанском Шамцу, 1. августа 1952. Отац, иначе родом из Топлице, био је војно лице.
Гимназију је завршио у Београду, гдје потом уписује студије филозофије на Универзитету у Београду.
Током студија показивао је склоност политичком дјелању. Био је активан у студентским асоцијацијама на Филозофском факултету. У то вријеме је био је изразито лијево опредијељен и углавном се изјашњавао као анархиста.
Успјело му је да се наметне у Савезу студената Филозофског факултета. Већ тада је привођен.
Суђено му је у Љубљани новембра 1974. Шесторицу тада процесуираних студената избавио је притисак међународне јавности.
Основне студије на Филозофском факултету у Београду окончао је 1974. године.
Школовање је наставио у Њемачкој, у Констанцу, гдје је докторирао је 1979, тезом „Проблеми утемељења критичке теорије друштва“. Ментор му је био, како је често наглашавано, знаменити Јирген Хабермас, један од најистакнутијих филозофа и политичких мислилаца друге половине 20. вијека.
У Југославију се вратио 1989, када са групом од 12 интелектуалаца, учествује у обнављању Демократске странке.
Од тада, до трагичне смрти марта 2003. посвећен је практичној политици.
Јануара 1994. године успјело му је да се избори за челно мјесто Демократске странке, на место Драгољуба Мићуновића. На челу Демократске странке налазио се до смрти марта 2003. године.
Био је међу првацима опозиције режиму деведесетих. Предводио је више политичких акција и опозиционих асоцијација у борби против власти Слободана Милошевића.
Као један од челника коалиције „Заједно“ 21. јануара 1997. године изабран је за градоначелника Београда.
Ђинђић је био једна од кључних личности политичких промјена 2000. године, као шеф централног изборног штаба и координатор промотивне кампање Демократске опозиције Србије (ДОС) за савезне изборе 24. септембра 2000.
Био је то, показало се, крај режима Слободана Милошевића.
Амерички недељник „Тајм“ септембра 1999. године, уврстио је Ђинђића међу 14 водећих европских политичара трећег миленијума.
Добитник је угледне њемачке награде „Бамби“ за 2000. годину у области политике, а 2002. у Прагу је примио награду Фондације „Полак“ за допринос развоју демократије у Србији.
Аутор је више научних радова из области филозофије и политичке теорије. Бавио се такође превођењем. Посебно активно се бавио политичком публицистиком.
Убијен је у атентату 12. марта 2003. године. Погођен је хицем у груди, у дворишту зграде Владе Србије, у 12.25 часова. Имао је 50 година. Његов тјелохранитељ Милан Веруовић је том приликом рањен.
Одмах послије убиства проглашено је ванредно стање и покренута акција „Сабља“, која је претходно већ била припремљена у склопу намјераваног обрачуна са организованим криминалом.
Ванредно стање прогласила је Наташа Мићић, тада вршилац дужности предсједника Србије.
Том приликом су похапшени, а након троипогодишњег процеса и осуђени, чланови криминалне групације назване „земунски клан“ чији су припадници и сарадници били међу организаторима и извршиоцима убиства.
Међу извршиоцима налазили су се и припадници Јединице за специјалне операције, потом расформиране. Како је пресуђено, Милорад Улемек Легија, осуђен затим на 40 година, наредио је Звездану Јовановићу, ветерану ЈСО, да убије Ђинђића.