Матић је био и југословенски министар науке, односно председник Савезног комитета за науку и технологију у влади Бранка Микулића.

Након четири године на функцији ректора сарајевског универзитета, Матић се 1985. вратио у Енергоинвест и решио да обиђе сваки од шест института, како бих се поближе упознао с тим што се ради.

„Но, у један део зграде ИТЕН-а, Института за термотехнику и нуклеарну технику, нису ме пустили. Рекли су ми: ‘Овде се ради један пројекат. Према уговору, пројекат не може да види нико осим оних који имају дозволу за то'“, рекао је Матић, присетивши се дана када је спознао да је највећи југословенски извозник Енергоинвест, између осталог, био и маска за нуклеарни програм.

О нуклеарном програму је у наредном периоду добијао информације из друге руке. Југославија је, пише Јутарњи, 1980-их развијала два програма: програм А био је усмерен према нуклеарном оружју, а програм Б био је усмерен на цивилну употребу нуклеарне енергије. Иако су та два програма имала различите циљеве, њихова су административна тела и извори финансирања били тесно повезани. У свему томе је важну улогу играо Енергоинвест.

„ЈНА је све уговарала с Енергоинвестом који је затим склапао уговоре с осталим институтима, укључујући и ИТЕН. Све је било логично подељено и ништа се није дуплирало. Надаље, није било конкуренције између института јер једни нису знали што други раде. Све је то било у највећој тајности“, рекао је Матић.

Истиче да је Енергоинвест био одлична маска. „У случају да нешто продре у јавност, увек се могло наћи оправдање да је реч о истраживањима за цивилну употребу нуклеарне енергије“, објаснио је Матић.

Присетио се и састанка у савезној влади 1988. године. „Сад почиње најчуднија ствар. Једнога дана зове мене Бранко Микулић и каже: ‘Дај, молим те, дођи на један деликатан састанак, укинућемо нуклеарни програм. Знаш ли што о томе?’ Кажем ја: ‘А нешто сам начуо’. На то ће мени Бранко: Не може то Југославија да ради, ми морамо ићи у привредну реформу, нуклеарни програм је фантазија из неких других времена. А ја то морам рећи Генералштабу'“, прича Матић.

Матић је присуствовао том састанку са генералима када им је Микулић рекао да Југославија одустаје од нуклеарне бомбе.

„Постављало се питање чија су права над резултатима, а донесени су добри закључци. Отприлике, закључак је био да се чиста војна компонента преда ЈНА која ће то негде похранити. Договорено је и да оне резултате који су употребљиви у нуклеарној енергетици могу користити институти и републичке електропривреде. Ја се нисам петљао у то“, испричао је Матић.

Ипак, као савезни министар науке и технологије, Божидар Матић је профитирао јер су преостала средства од нуклеарног програма пребачена у тзв. Матићев фонд.

Одбацује наводе да је нуклеарни програм био само блеф те да земља попут Југославије није могла да направити нуклеарну бомбу. „Како се само варају! То је потпуно погрешно. Није то био блеф, него озбиљан програм развоја нуклеарне бомбе“, каже Матић и додаје:

„Прво, били су укључени сви научни капацитети ‘Винче’, ‘Руђера’, ‘Јосефа Штефана’, али и неких других, попут Института за нуклеарне сировине у Србији. Треба водити рачуна и да су направљени споразуми с Ираком и Либијом за израду ракете. Што ће вам бомба ако немате ракету која је носи? Прво је потписан уговор с Ираком о ракети домета 100 километара која је направљена. И она се може сматрати оперативним оружјем“, рекао је Матић.

Наводи и да је била замишљена и пројектована ракета домета 300 километара, али да је рат онемогућио њену реализацију.